Koła naukowe w Wyższej Szkole Ekologii i Zarządzania w Warszawie mają charakter międzywydziałowy. Znajdują się pod nadzorem dziekanów Wydziału Inżynierii i Zarządzania i Wydziału Architektury.
Do aktywnie działających kół naukowych w WSEiZ zaliczyć należy:
W 2008 roku WSEiZ była organizatorem III Ogólnopolskiej Konferencji Studenckich Kół Naukowych pt. Społeczno-ekonomiczno-przyrodnicze aspekty zrównoważonego rozwoju.