W listopadzie 2005 WSEiZ otrzymała nagrodę "Najlepsza Prywatna Szkoła Wyższa 2005 " w corocznym konkursie "Najlepszy Partner w Biznesie" organizowanym przez Magazyn Ekonomiczny Home&Market.

W kwietniu 2008 roku WSEiZ została uhonorowana "Medalem Europejskim 2008" w "X II EDYCJI MEDALI EUROPEJSKICH 2008" za wysoki poziom prowadzonych studiów, których jakość jest zgodna ze standardami europejskimi. Medal Europejski jest rekomendacją wystawioną wyróżnionym produktom i usługom przez najważniejszą instytucję ds. Unii Europejskiej -   Urząd Komitetu Integracji Europejskiej.            

Dzięki wysokiej jakości kształcenia, nowoczesnym programom nauki, a także znaczącemu wkładowi w rozwój edukacji europejskiej w zakresie ochrony środowiska, Wyższa Szkoła Ekologii i Zarządzania w marcu 2009 roku otrzymała tytuł  "Uczelnia Roku 2008"nadany przez tygodnik "Gazeta Finansowa".

Od pieciu lat co roku Uczelnia otrzymuje także znak jakości "Wiarygodna Szkoła". Certyfikat został przyznany przez Akademickie Centrum Informacyjne w Poznaniu i jest dowodem na to, że WSEiZ jest uczelnią godną zaufania, uczciwą i wiarygodną.